De oudste naaktzadige waren de zaadvarens, die meer op varens leken dan op de huidige zaadplanten. Deze groep planten leefde miljoenen jaren op aarde, van 300 miljoen jaar geleden tot ongeveer 150 miljoen jaar geleden. Uit de Zaadvarens ontwikkelde zich de Cycadeeën, Ginkgo, Gnetales, Coniferen en Bedektzadigen. Opvallend aan de naaktzadigen is dat het vrijwel steeds houtige heesters en bomen betreffen met een lange leefcyclus (ongeveer 2000 jaar) en trage zaadvorming en rijping hebben.